東沙群島為一珊瑚環礁，並環抱一潟湖，生態環境敏感度頗高，故整體規劃上應採分項保育策略，如植物、鳥類或其他生態系，做一有系統的整體規劃，使人為開發不致影響當地現有環境，並進一步復育原有生態景觀。
(一)自然資源
1.地形地質景觀
東沙島本身係一珊瑚島，島上覆蓋\由珊瑚碎屑及貝殼風化而成之細沙，其沙灘海岸地形發達，尤其是南側海岸沙灘；此外，東沙環礁亦是一特殊的海底地形景觀。
2.東沙島南岸沙灘
本處位於漁服站至第三據點海岸，為一平緩入海之珊瑚礁海岸，由於平緩入海，故潮間帶很長，退潮時往往可見到大片之水草窪地，加上碧海藍天、細緻的白色沙灘及傍晚的夕陽奇景構成難得一見的優質海岸景觀；潮間帶礁石間介殼類、魚類很多，亦吸引了許多水鳥前來覓食，成為賞鳥的好地點。
3.潟湖
位於島西半部的潟湖，其地形一直在變化，著實為一活體自然教育園區，加以潟湖提供豐富之食物來源，吸引為數不少之魚蝦貝類，甚至水鳥群聚，景緻相當壯觀，站在四據點高臺可眺望潟湖全景及遠方海景，確實有別於其他地區風貌。;
4.「龍擺尾」
東沙島在未興建島嶼東南側之突堤群之前，受東北季風及西南季風兩者交互影響下，於冬季東南側之沙丘（即龍尾）會受海流影響逐漸由北側遷移至南側，而夏季恰恰相反，龍尾受海流影響南側移動至北側，俗稱龍擺\尾，是東沙島之特殊地形景觀。
惟上述龍擺尾地形景觀，在民國82～85年間因防止海岸侵蝕所構築突堤群，以及簡易碼頭興建工程而遭挖除破壞，未來如何回復既有珍貴地形景觀資源，將是將來規劃之重要課題。
5.珊瑚環礁地形
眾所周知，珊瑚是生長速度非常緩慢的海洋生物，但是一旦形成一個完整的珊瑚礁生態系，它就變成了海洋中生物種類最豐富、生產力最高的「海洋熱帶雨林」，一叢「造礁珊瑚」的生長速度，慢的每年不到一公分，快的也不過十幾公分，珊瑚若能穩定生長，進而形成繁茂片狀的礁體，至少要百年以上；片狀礁體連結而形成裙礁，就至少要上千年的光陰，比裙礁更大的珊瑚礁生態系，譬如堡礁的形成，更至少要幾萬到幾十萬年的時間，而要再形成環礁，尤其是像東沙環礁那種方圓百里的大環礁，就非要百萬年以上光陰的凝聚，才有如此大的規模。
雖然東沙環礁海域目前遭受人為破壞嚴重，而且廣達95%區域需進行復育，然其海域資源仍相當可觀，況且環礁海域並非毫無機會恢復舊觀，只要妥善的加以復育、保護，嚴禁持續性的破壞行為，魚類將可以於三、五年間恢復生態；而假以時日，珊瑚礁也能再度展現昔日之光彩。
(二)植物資源
東沙島上陸生植物可分原生、次生及人工植被三類，植被帶以海岸灌叢為主，最主要者為草海桐，伴生者有白水木、海人樹等。在海岸灌叢帶與水生植物帶間另有草本植物帶，此帶以海馬齒、芻蕾草、雙花蟛蜞菊及馬鞍藤為主。東沙島因開發已久，原生植被與次生植被大抵混雜而生。島上植物中有橙花破布子、白避霜花、海人樹、葡匐垂桉草等多種不見於台灣及其他離島者。
雖然目前島上林相被道路切割得相當凌亂，但道路僅是2～4公尺寬之石子路，如將島上動線重新規劃，封閉部分道路讓樹木生長，使林相完整且更趨多樣性，以形成豐富之生態系。
(三)動物資源
1.候鳥
東沙島位於候鳥南遷北移的路徑上，加上島上面積狹小，食物資源不豐，對候鳥而言，大多只是一個遷徒路途中的休息站。因此，在侯鳥遷移的季節，會有相當豐富的鳥相可供觀賞，包括珍貴稀有保育類的灰面鷲、魚鷹、小燕鷗，及其他應予保育類的紅尾伯勞等。
2.小型鯊魚、招潮蟹等潮間帶生物
潟湖口觀潮站附近海域，範圍在一、三據點處及其環礁海域自然景觀，環礁受海浪衝擊產生環形白色浪花及碎波，景緻相當特殊，而且此處漲退潮情形明顯，尤以漲潮時常瞥見小型鯊魚迴游覓食，退潮則又露出草綠色礁岩，及各式魚類，另外招潮蟹及鳥類亦常在此群聚，生態資源相當精采。
3.珊瑚礁內熱帶魚群
東沙海域之漁業資源因珊瑚幾已破壞殆盡，魚群量已大大銳減，根據島上居住之漁民翁伯陳述：以前抓魚不用找即可捕獲大型魚隻，現在卻要出海去找才可能有較好的收穫，並且大部分魚群多藏覓在環礁外緣處，中山大學海生所宋克義所長也曾經說過：整個環礁以內幾乎是珊瑚墳場，但仍有幾處大有看頭，如環礁外緣珊瑚仍被保存的相當完善，魚群自然也較多。由此看來，只要珊瑚恢復原來風貌，魚自然就會回來。
(四)人文資源
1.文化資產
東沙島之文化資產主要有碑銘、地標及廟宇等。總體來說，較不具觀光吸引力，少有經濟附加價值，然卻可透過活動的串聯安排，增加陸上活動的可看性。
(1)南海屏障碑
南海屏障碑在東沙島南側，面海而立，民國78年由內政部興建，其碑銘係介紹東沙島之戰略位置，並簡述地形、氣候。
(2)漢疆唐土碑
漢疆唐土碑係內政部於民國81年所建，其位於南海屏障碑之周圍，乃為匡正時論，加強海疆維護，具有重行顯示我國主權之意，並鑒於東沙島日烈風驟，為防碑體風化、碎裂，乃加強南海屏障國碑碑體保固，並環國碑興建一座範圍約11公尺見方高2.5公尺之琉璃瓦凹型迴廊。
(3)東沙島島碑
東沙島島碑係建於民國43年元月，乃海軍東沙島管理處處長杜震所建立，其上碑文乃敘述東沙島之歷史沿革。
(4)東沙地籍測量紀念碑
位於指揮部前，係民國80年建成，由高雄市長吳敦義提字，顯示東沙島由高雄市代管，屬旗津區管轄。「地籍測量」不僅彰顯行政管轄權，而且也是開發經營之基礎。
(5)東沙地標
為一稜形突出之純白色地標，地面上繪有東沙島圖騰，並利用稜形花台收邊，一體造型相當純淨，有別於島上其他碑文地誌，亦可充當特殊之地景。
(6)東沙基準點
東沙基準點位於東沙指揮部右前方，民國80年12月25日由聯勤總部測量署測定之島上唯一基準點，基準點基座四面皆有文字，正面為「東沙基準點」，背面為經緯度及高度，除有利海陸地圖測繪及建設開發外，亦為主權之重要依據。
(7)東沙大王廟及長青亭
民國37年冬「關公」聖像乘獨木舟來，64年由駐守東沙官兵建廟奉祀，香火鼎盛，現獨木舟仍保存於廟側；東沙大王廟除祭祀關公外，亦祀「南海女神」媽祖(元代封)，除香燭由還鄉戰士奉獻外，神像前所掛金牌亦由戰士還願所贈。
長青亭在東沙大王廟前，應該是島上樹木最為多樣之處，多有人工栽植之外來種。涼亭亭柱上有聯：「沙坡雲樹象萬千，獨頌南疆不朽年」，但不知為何人所寫，文筆頗佳。
(五)人為設施
(1)沙畫教室
貝殼及珊瑚碎屑風化而成的白沙，在艷陽的照射之下益顯耀眼光芒，異常珍貴，島上弟兄將此一特殊白沙利用篩網及廣告顏料製成更細緻之色沙，以白膠固定於劃好圖形之木板上，最近更發展出立體雕畫，相當特殊，堪稱東沙一絕 。
(2)海軍氣象站
目前由海軍駐守，每天早上7點15分左右，固定灌製氫氣球，並於汽球底下紮綁探測儀升空，於數分鐘之後即於電腦上接收到氣象資料，整個過程歷時約30分鐘，相當具趣味性，未來可設計融入旅遊行程，成為知性生態旅遊的一環。
(3)軍郵局
在台灣地區郵遞區號中「東沙」為「817」，軍郵局為「六十七局」。民國85年6月5日交通部郵政總局發行我國第一套有關南海之郵票。「南海諸島地圖郵票」，一套兩枚，「5元票」以東沙島國碑「南海屏障」為主題；「17元票」以南沙太平島國碑「南疆鎖鑰」為主題，背景則為藍天碧海中的華南海岸線及台、瓊兩島。目前軍郵局雖然陳設物品不多，且即將改為代辦所，但卻是卓具歷史意義。
(4)國軍東沙公墓
公墓在「東沙大王廟」左側，公墓前柱聯「東沙安靈骨、神州弔忠魂」。我國華南一帶漁民，常年往來東沙群島海域捕漁，並在東沙島上避風整補、休息或加工漁獲，每年均有漁民在島域意外或疾病亡故，埋骨荒島，日久即成了無名墓塚。今日公墓中所有十幾二十方無名墓，排列整齊，應多屬早期開發東沙島的先民骨骸而由島上官兵修整而成。
